As chuvas observadas ao longo do mês de setembro marcaram o início do período chuvoso nas Regiões Sudeste e Centro-Oeste do Brasil. Na Região Nordeste, destacaram-se os episódios de chuva no setor leste. Na Região Sul, a formação de ciclogêneses ao longo do mês proporcionou a ocorrência de chuva intensa e ventos fortes, porém os totais de precipitação ficaram acima da média somente no Paraná. As temperaturas foram elevadas em quase todo o País, porém a atuação de uma intensa massa de ar frio no início do mês causou significativa queda de temperatura na Região Sul.

O fenômeno El Niño evoluiu no Oceano Pacífico Equatorial, com ligeiro aumento das anomalias positivas da Temperatura da Superfície em relação ao mês anterior. O Índice de Oscilação Sul (IOS) permaneceu negativo e os ventos em baixos níveis mais fracos que a média, o que é uma configuração típica da presença do El Niño. Sobre o Oceano Atlântico Tropical Norte, destacou-se a expansão de áreas com águas mais quentes que a média histórica.

Considerando os dados hidrológicos, apenas no noroeste da bacia do Paraná, na bacia do Tocantins e no oeste da bacia do Amazonas foram observados elevados totais de precipitação, com aumento da vazão na maioria das estações localizadas na bacia do Paraná. Contudo, ainda houve predominância de vazões abaixo da MLT nas bacias do Uruguai e do Atlântico Sudeste.